ATK&VNL 2016.0新機能紹介

Atomistix ToolKit&Virtual NanoLabの新バージョンVNL-ATK-2016.0が2016年7月にリリースされました。

リリース情報

バージョン Atomistix ToolKit&Virtual NanoLab 2016.0
リリース日 2016年7月

ダウンロード

新バージョンはこちらからダウンロードできます

  • 本バージョン(Version 2016)より64bit版の使用を推奨しております。32bit版の提供は本バージョンで終了予定です。
  • Mac版の提供を開始しました。

新バージョン概要

  • 新規に開発した基底関数と擬ポテンシャル(SG15 を搭載。DFT(GGA)での結晶構造の精度向上。
  • Electron Phononの計算速度が10倍程度改善
  • Electron Phononの計算でノンコリニア及びスピン軌道相互作用をサポート
  • 移動度計算で、ゼーベック係数、熱伝導度、ホール係数、ホール伝導度テンソルを計算可能に
  • Bulk計算におけるk点のMKL並列を自動的に
  • Script Generatorの改善。より複雑な計算設定を簡便に入力可能
  • MD/NEB/AKMCの改善 並列化の改善
  • 新規の Martyna-Tobias-Klein barostats(圧力一定MD)
  • VNLにおいて多数の新規の物性値のプロットを搭載
  • スラブ近似を使わないNEGFを利用した新規の表面構造計算手法を搭載(One Probe)
  • PEXSIソルバー(10000原子以上にてOrder N)
  • 新規のk-pointグリッド。Γ点を常に含むようにするオプションなど
  • 新規のHubbard-U。
  • Ozaki equilibrium contour
  • ATKの計算のテキスト出力の冗長性を制御
  • MacOS Xバージョン

ライセンスについて

  • 本バージョンをインストールするためにはVersion16.0以上のLicense Featureが必要です。貴機関にてバージョンアップ可能かどうかわからない場合はご連絡いただければ幸いです。
  • アカデミックユーザにおかれましてVNLのみをご利用される場合は無償提供させていただきます。お申し込みはこちらから
  • ATKClassicalを実行するためにはATKClassicalのライセンスが必要です。有効な保守ライセンスをお持ちのアカデミックユーザサイトではATKClassicalを追加料金なしでご利用いただけます。企業ユーザの方はお問い合わせいただければ幸いです。
  • FHI-aimsをご利用いただくためにはどなた様もライセンスの購入が必要です。
  • VASP関連機能をご利用いただくためにはATK−VASPのライセンスが必要です。フリーのVNL(アカデミック版))にはVASP関連機能は搭載されませんのでライセンスを別途購入される必要があります。またVASP本体はVNLには付属しません。

VNL-ATK-2016新機能紹介詳細

  • Electron-Phonon interaction
    • Electron Phononの計算でノンコリニア及びスピン軌道相互作用の計算をサポート
    • コードを最適化し10倍程度の速度向上、またメモリ使用量削減を実現
    • 移動度計算においてエネルギー依存の散乱状態をk依存を考慮して作成(Smallish近似により計算時間、メモリ使用量の削減)
    • 電気伝導度、抵抗率、移動度等をテンソルで出力
    • 新規の解析オプション(First Moment、ゼーベック、熱輸送)、ホール係数、ホール移動度
    • Inelastic Transmission Analyzerの搭載
  • パフォーマンスの改善
    • k点依存のマルチコア並列化の自動化。ATKは特別な設定なしにマルチコアの並列化を行います。
    • リモートドライブにプロジェクトがある場合のLabFloorのパフォーマンスの改善
    • MPI並列化の導入
      • HTST
      • AKMC
      • Dynamical Matrix
      • AKA Crystal Structure Prediction
      • IV Curve
      • 並列化時の出力ファイルの改善
      • Dynamical MatrixのAKMCにおける3階層(鞍点探索、k点、マルチコアk点並列)
    • NEGFの複素線積分の並列化改善
    • 新規のNEB手法の導入
    • PEXSI Solver
      • 非常に大きな系のBulk構造でのOrder(N)
      • Device構造におけるEquivalent Bulk計算時に有効な場合あり
      • Γ点の計算、スピン分極計算でない場合のみ有効
    • 原子にかかる力と系の圧力を同時に最適化するアルゴリズムに変更(旧アルゴリズムでは力⇒圧力の最適化を交互に繰り返し)
    • ATK-Classicalにおけるパフォーマンス向上(1CPU計算でLAMMPSと同等の速度)
  • 新規の基底関数と擬ポテンシャル
    • SG15擬ポテンシャルを搭載(H-Bi Lanthanidesを除く)
      • Delta Set Accuracy =2meV (詳しくはこちら
      • GGAのみ利用可能
      • 多くのセミコア状態
      • OMX、HGHより高速
      • Medium/high/ultrahighの3種の正確性を選択可能
      • SG15に関する詳細情報はこちら
    • OMX 基底関数の改善
  • Ion Dynamics (MD)
    • MD計算の新規フレームワークを導入
      • 温度制御、圧力制御において線形Cooling,Heatingを導入
      • すべての圧力制御法において等方、異方の圧力カップリングをサポート。
      • MD法の改善(安定性、柔軟性、パフォーマンス)
      • 最新圧力制御アルゴリズムMartyna-Tobias-Kleinを導入し、旧方法のNPTMelchionnaと入れ替え
      • ASE MD法の軽微な修正
      • meta-dynamicsなどの計算手法の改善
    • MD、および構造最適化における構造高速の新規手法の導入
      • (x,y,z)座標のみの拘束
      • MDにおける重心の拘束
      • ターゲット圧力を指定したときのブラベー格子への拘束
      • 簡単な力場関数を導入して、構造拘束に利用する機能
    • NEBの反応パスを利用したHTSTのプレファクタの推算
    • NEBの開始点と終点が構造最適化されていない場合に警告を表示
    • 新規のMEAMポテンシャルの導入
  • One Probe法、Slab近似を用いない新規の表面構造
    • 新規手法による表面構造計算手法の導入。Slab近似を使用せずにNEGFを用いて表面構造を表現
    • Slab近似よりも表面構造特性を収束性よく計算可能
    • 表面グリーン関数法の数値経路積分とDFT法をカップリングし電極1つで表現するone-probe法
    • 電極から表面上の分子等への電荷移動を表現可能
    • 表面にバイアス印可可能。印可状態での電極表面での反応の活性化エネルギーを計算可能
    • 応用例:仕事関数の計算、表面上への分子吸着、不均一触媒、表面反応(NEB, MD)
  • Script Generatorの改善
    • MGGA-TB09の”c”パラメータを設定可能
    • Analysis From File機能の改善
      • DynamicalMatrix 、HamiltonianDerivativesの読み込み
      • ncファイルをIDで指定
    • ポアソン方程式用の溶媒の誘電率を指定
    • 自動保存のCheckpointファイルおよび時間間隔の指定
    • Constrain Editorの改善
    • 初期スピン設定の改善
  • Job Managerの改善
    • リモートマシンの診断ツールの改善
    • リモートマシンでのディレクトリ指定をジョブごとに
    • 安定性の改善
  • 3D, 2Dデータ解析
    • アニメーション時に内にユニットセル内原子位置をキープ
    • バルク構造をリピート表示時に原子を選択した時に等価な原子も表示
    • 原子間のボンド表示の改善
    • 3D構造表示時に複数の光源を指定可能
    • ブリルアンゾーンViewerの改善
    • 3D表示でVoxel Plot、Point Clondsの表示
    • 結晶構造でのPolyhedral
  • Plugins for external codes
    • Custom ScripterにQuantumEspresso用のプラグインを導入
    • VASP Scripterの改善(構造高速、INCARのプレビュー、INCARファイル編集)
    • LAMMPSのインポートが20倍高速に
    • MBNExplore import/export
    • Cclibの導入(量子化学計算のファイルをいimport)
    • PackmolをBuilderに導入(MD用の初期構造作成ツール)
    • PyMatGenをプレコンパイル
  • ライセンス
    • 1つ入力ファイルを用いた計算実行時にそのスクリプトが終了するまでに1つの1Masterライセンスを継続して利用します(以前はSCF計算時のみ使用)。
    • NEB計算時には1Masterとn-1slaveのみ使用(以前はNイメージのNEB計算でN Master使用)。
    • コマンドラインオプション-Xを挿入Nanolanguageオブジェクトを読み込まずにatkpythonを起動
    • LM-Xのバージョン4.8.1(LINUX)
    • VNL内でローカルマシンのライセンス認識可能
      • ライセンス見つからない時のガイドを表示
      • VNL内でライセンスセットアップ
      • デモライセンス入手の改善
      • Errorチェックの改善
    • Custom ScripterにQuantumEspresso用のプラグインを導入
  • プラットフォーム
    • MacOS Xバージョン
    • 日本語フォルダを利用可能(日本語ユーザ名は不可)
    • RedHat (CentOS) 6.7以上
    • libXC アップグレード
    • Qt5の導入
  • その他
    • Cystallography Online Databaseの導入(Webから結晶構造を入手)
    • Ozaki Equilibrium contourの導入
    • 出力ファイルの冗長性のコントロール
    • 新規のk-point
      • Monkhorst-Pack k点グリッド使用時も、Γ中心になりように
      • 通常のk点シフトも使用可能
      • Transmission Spectrum計算時のブリルアンゾーンのエッジでは通常のk点メッシュ
    • Full Hartree potentialを計算可能
      • ElectrostaticDifferencePotentialはHarreeDifferncePotentialに名称変更
      • ElectrostaticDifferencePotentialおよびElectrostaticPotentialがUnit Voltで利用可能(1/e*HartreePotential)
    • 新規のHubbard U method
    • setCartesianCoodinateの改善
    • DFTBにEvacキーワードの導入
    • MGGAですべての汎関数が利用可能
    • Icosahedron builder
    • Physical Quantity関数の改善
    • PrimitiveからCoventialへの格子変換の改善
    • VNLがクラッシュしたときにLOGを表示
  • その他の新機能
    • Non-Collinear系のSCF収束性の構造
    • Grimme DFT-D3の導入
    • 2Dの透過係数計算の高速化(Adaptive k-space integration)。
    • 新規基底関数の導入

その他多数の新機能があります。

ATK&VNL 2016.1 2016.2バグフィックスバージョン

リリース情報

バージョン Atomistix ToolKit&Virtual NanoLab 2016.1
リリース日 2016年9月
バージョン Atomistix ToolKit&Virtual NanoLab 2016.2
リリース日 2016年9月
バージョン Atomistix ToolKit&Virtual NanoLab 2016.3
リリース日 2016年11月

VNL-ATK-2016.1修正箇所

  • 重要な問題の改善
    • OMX基底関数のPythonスクリプトとncファイルでの記述に間違いがありましたが修正されました。また2016.0で不適切に記載されたncファイルを2016.1では開くことができます。
    • ATK-ClassicalでライセンスのCheckin、Checkoutに不具合がありました。
  • 顕著な問題
    • Molecular Configurationを”Analysis from file”で指定したときに不具合がありました
    • ZipファイルからAddOnsがインストールできませんでした
    • k-point発生について
      • 発生k点総数が実態た合わなかった不具合の修正
      • 対称性認識が低速であったことの修正
    • MacバージョンでJob Managerから計算がKillできなかった不具合の修正
  • 軽微な修正
    • MPI_Finalizeの実行の修正。nlprint実行時にlogファイルが中断されてしまう不具合の修正
    • Windows上でのPOVRay表示の不具合
  • 技術的な問題
    • Correction to "processes per pole" in PEXSI
    • Mac上の例外処理を修正し、起動時のエラー及びCrash時のエラーを表示できるように
    • VNLからのLinkをdocs.quantumwise.comに修正
    • バージョンナンバーの順番が適切に
    • Huckel、Slater-Kosterは表面構造では使用できないように
    • その他軽微な修正
  • Know Bugs
    • Windowsでユーザ名を日本語にした場合VNLは正常に起動しません。英語名ユーザを作成しVNLを起動してください
    • 原子の表示非表示を切り替えるとPolyhedra Plotの表示に不具合があります
    • 4Kモニター使用時に不具合
    • ATK-ClassicalでDynamical Matrixの計算をしたときに不要なLogファイルが大量に生成
    • MatPlotlibを使用したグラフ描画があるスクリプトをJob Managerで走らせると不具合
    • その他軽微なバグがあります
  • VNL-ATK-2016.2修正箇所

    • 構造最適化実行時の計算中にForceが正常に表示されるようになりました
    • Mac版インストーラーを改善しました

    VNL-ATK-2016.3修正箇所

    • 重要なBug Fix
      • IETS analyzerに不具合がありましたが改善しました
      • Device ConfigurationでDensity Plotを表示した場合にCrashする不具合の修正
      • 並列計算実行時のcheckpointファイル保存の不具合修正
      • Ozaki contour integration使用時のForceの計算の修正
      • IVCurve計算時のTransmission Spectrumの保存
      • Doping Pluginの修正(常にTagを記述するように)

    その他Bug修正は
    https://quantumwise.com/about-us/quantumwise-news/item/1004-bugfix-update-vnl-atk-2016-3 こちらをご覧ください。

    関連ページ

    お問い合わせ

    Copyright © 2011 QuantumWise Japan KK All rights reserved.