Virtual NanoLab 機能一覧

Virtual NanLabはAtomistix ToolKitのためのGUI(グラフィカルユーザインタフェース)です。構造構築、計算パラメータの設定、計算の実行、計算結果の表示および解析を、マウスによる操作で実現します。操作の概要をこちらのチュートリアル(英語)でご覧いただけます。

3D Viewer

  • 構造や計算結果を3次元表示するツールです
  • OpenGLによるレンダリング
  • 波動関数やブロッホ波の等値面、等高線表示
  • 構造のリアルタイムアップデート
  • Color Mapの変更
  • 遠近法・正射影表示の選択
  • 光源位置のコントロール
  • MDトラジェクトリのアニメーション
  • PNG、BMP、JPG等画像フォーマットへの出力

図:3D Viewerによる計算結果の表示

Builder

  • 分子構造、周期構造、デバイス構造を構築するツール
  • Fractional座標、Cartesian座標による編集
  • ブラベー格子定義(fcc, Hexなど)による格子ベクトルの自動入力
  • 構造のコピー、平行移動、回転操作
  • 結晶面の劈開
  • Z-matrix表示
  • 構造から電極を自動認識しデバイス構造を生成
  • 異種材料の界面構造を自動生成(example(En))

図:Builderによる構造構築

Script Generator

  • マウス操作によりATKで定義可能なすべての計算設定と物性計算設定が可能
  • 一連のワークフローを設定可能(例:計算手法設定→構造最適化→バンド計算)
  • ScriptをPython Scriptとしてテキスト出力可能
  • Python出力を編集し、さらに計算の自動化や効率化を実現

図:Script Generator

Custom Builder

  • 特定の構造構築用のPlug-inツール
  • Pythonスクリプトを記載することによりオリジナルの構造構築用ツールを作成
  • デフォルトで含まれるBuilder
    • Nanotube Builder
    • Nanoribbon Builder
    • Graphene Sheet Builder
    • Nanowire Builder
    • 磁気トンネル接合素子Builder
    • Nanocluster Builder
  • 新規のBuilderをダウンロードして使用可能(Example(YouTube))

図:Custom Builder

Custom Analyzer

  • 計算結果を解析するためのPlug-inツール
  • Pythonスクリプトを記載することによりオリジナルの解析ツールを作成可能
  • デフォルトで含まれるAnalyzer
    • I-Vカーブ、Transmission Plot
    • Projected Density of States
    • Basis set explorer

図:Custom Analyzer

Custom Scripter

  • 外部コード用の入力ファイルを作成
  • VASP, ABINIT, GPAW等の入力ファイルを作成可能
  • オリジナルの入力ファイル作成ツールをPyQT機能で作成可能

Database

  • 2000構造以上の構造テンプレート(有機分子・結晶・Fullerene)
  • Builderツールより起動して使用
  • 構造をプレビューして空間群対称性を表示
  • 構造検索可能

図:Database

Script Editor

  • Python構文に対応したBuild-In Builder
  • Script Generatorで作成した構造をViewerやBuilderに送ることが可能

Job Manager

  • GUI上からATKの計算を実行するツール
  • 複数の計算をQueuingして順番に実行することが可能
  • 計算の実行、停止、削除が可能
  • 計算出力テキストファイルをインタラクティブに表示

その他

  • VNLのメイン画面上からHD上のファイルにアクセス可能
  • Transmission、DOSなどの2次元プロットが可能
  • CAR、CIF、XYZ、VASP形式が書かれた構造のインポートが可能
  • XYZ形式に構造出力
  • CUBE形式への出力
  • LinuxおよびWindows上いずれでも動作可(32bit, 64bit)

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